萊拉的天際方舟故事講述了一天早上，萊拉和她的朋友以及博士父親醒來后面對一群可怕的敵人們，指揮官和他的手下侵入彩虹方舟，試圖偷走所有的魔法和音樂元素，要打敗敵人們，使用各種的強大的武器進行攻擊，消滅Boss,揭開隱藏的，破解各種的難題。